Mszana Górna (Mszana Superior) była lokowana w 1365 r. podczas akcji kolonizacyjnej, jaką na omawianym terenie realizował król Kazimierz Wielki. Ciekawostką jest fakt, że nie miała bliższych związków administracyjnych z Mszaną Dolną (obie miejscowości łączyła rzecz jasna nazwa wywodząca się od omszałych brzegów potoków). Obszar wsi pierwotnie  należał jednak do parafii w Mszanie Dolnej, o czym informuje dokument z 1595 r. Pierwszymi właścicielami były rody Ratołdów i Pieniążków, a od podziału starostwa nowotarskiego w 1532 r. wieś należała do tzw. klucza wielkoporębskiego, należącego przez długi czas do rodziny Lubomirskich, Sanguszków i Wodzickich. Pod koniec XIX w. liczyła 1470 mieszkańców. Głównym źródłem utrzymania była praca w lesie i miejscowym tartaku. Jeszcze na początku XIX w. istniała tu duża kaplica św. Anny z kapłanem dojeżdżającym z Mszany Dolnej, ale zniosła ją powódź w 1813 r. Od 1883 r. funkcjonowała tu szkoła filialna, założona przez c.k. Radę Szkolną Krajową.

Miejscowa legenda mówi, że na tzw. Bielakowej Roli wykonywano niegdyś egzekucje na łotrach i złodziejach. Inna wersja tej legendy jako miejsce straceń wskazuje Malcową Grapę na granicy z Podobinem. Miejscowy etnograf dr Sebastian Flizak poszedł tropem tej zagadki i od najstarszych ludzi usłyszał, a później zanotował następujące podanie, którego akcja rozgrywa się na Bielakowej Roli: „Na plebanię w Mszanie Dolnej wtargnęli nocą bandyci i zażądali od proboszcza ks. Jakuba Urbanka pieniędzy. Ten im odpowiedział, że wszystkie pieniądze ma w kościele. Kazali się więc zaprowadzić do kościoła i powtórzyli swe żądanie Proboszcz zaprowadził ich przed ołtarz, wskazał na obraz Zaśnięcia Matki Boskiej i rzekł „sukienka srebrna na tym obrazie ulana jest z moich pieniędzy. Więcej nie mam” Bandyci odeszli miotając straszne przekleństwa. Proboszcz zostawszy sam uderzył w dzwony. Zbiegli się ludzie, ujęto bandytów i wydano sądowi. Wyrok opiewał na karę śmierci przez powieszenie Na Bielakowym Polu stanęła szubienica. Zbiegła się liczna rzesza ludu przypatrywać się egzekucji. Jednemu ze skazańców młoda dziewczyna zarzuciła chustkę na głowę, oświadczając, że chce go mieć za męża. Ale ten człowiek nie skorzystał ze środka ratunku i dał się z innymi powiesić”.

Tyle legenda, która zadomowiła się w mszańskiej tradycji, wykorzystując miejscowe, realne elementy (jak chociażby wspomniany obraz Matki Boskiej, znajdujący się w mszańskim kościele). Realną postacią był również ksiądz Urbanek, który przeżył trudne chwile w czasie rabacji galicyjskiej. Ukrył on bowiem na farze dziedzica dworu z Klikuszowej Leona Czencza i urzędnika dworskiego, niejakiego Gacka. Uciekali oni przed rozwścieczonymi chłopami, którzy zagrozili księdzu, że jeżeli nie wyda im zbiegów to zburzą plebanię. Kiedy jeńcy znaleźli się w rękach chłopów, mimo niesamowitej siły pana Leona (rwał jak nitki łańcuchy, którymi próbowano go skrępować) zostali obaj okrutnie pobici i pod eskortą odesłani do Nowego Sącza.

Obecnie na terenie wsi nie zachowały się cenniejsze zabytki, można jedynie zobaczyć kilka ładnych, drewnianych domów zagórzańskich. Prężnie działa Ochotnicza Straż Pożarna, zespół regionalny i klub sportowy. Pośrodku wsi znajduje się współczesny kościół parafialny p.w. Matki Bożej Nieustającej Pomocy zbudowany w latach 1953-1958. Z Mszany Górnej pochodził znany artysta Józef Krzysztof (1926-1995) – rzeźbiarz, muzyk, regionalista zakochany w folklorze zagórzańskim. Występował na scenach całej Polski, nazywany był „Zagórzańskim Sabałą”.